有机肥厂目前，有机肥的盲目施用，不仅可造成土壤质量退化，而且对水体环境、农产品质量安全产生威胁。因此，应进一步加强有机肥无害化与安全施用规范方面的研究。

(1)加强有机肥无害化技术研究。现在的有机肥含有数量众多的有毒有害物质，而目前的有机肥农家积造、商品有机肥的工厂化生产工艺仍然处于相对简单、落后水平，均难以实现完全的无害化，即使商品有机肥，仍可能含有一定量的病原生物、重金属、抗生素、抗性菌等污染物，其长期或过量施入将带来一定的环境风险。应针对不同的有机肥及其污染物特性，研究相应的有毒有害物质消减技术。

(2)加强有机肥标准化质量管理体系研究。目前我国有机肥仅有农业部的部颁质量标准，且全国仅单级标准。由于商品有机肥原料的来源广泛，所含养分和其他物质(如污染物质)千差万别，因此，通过堆肥而生产的有机肥质量差异甚大，难以像化肥那样有相对稳定的物质组成。这给商品有机肥的生产和使用以及市场的健康发展带来诸多不便，尤其是随着现代社会管理标准化趋势的发展，其矛盾更加突出。欧美等发达国家均建立了不同类别及用途有机肥的质量标准。如欧盟将商品有机肥分为2级。在有机肥分级质量标准体系的基础上，欧美国家还制订了成套的生产、包装、质量认证、标识等管理体系和质量控制体系。因此，进一步加强我国有机肥标准化质量管理体系研究迫在眉睫。

(3)加强有机肥安全施用技术研究。一些发达国家针对不同的土壤、不同的作物、不同的生态控制区，研究制订了相应的有机肥施用技术规范，如有机肥的施用量、施用时期、施用方式等，确保有机肥的安全施用。而我国有机肥的施用多凭经验，盲目施用比较普遍。应进一步系统开展不同有机肥在不同土壤、不同作物上的安全施用研究，尽快形成有关的技术规范，指导农民的合理用肥。